डॉ. मुकेश जैन
    स्टाफ वैज्ञानिक III
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 अनुसंधान क्षेत्र
प्लांट जीनोमिक्स, बायोइन्फोर्मेटिक्स एंड बायोटेक्नोलोजी
 पुरस्कार और फेलोशिप
अनिल कुमार बोस मेमोरिअल अवार्ड, इंडियन नेशनल साइंस अकैडमी, न्यू दिल्ली (2011)  
एसोसिएट ऑफ़ द नेशनल अकैडमी ऑफ़ एग्रीकल्चर साइंसेस, न्यू दिल्ली (2011-2015)
  एसोसिएट एडिटर ऑफ़ "BMC रिसर्च नोट्स" (2010 औनवर्ड्स)
यंग साइंटिस्ट प्लैटिनम जुबिली अवार्ड  (एनएएसआई) नेशनल अकैडमी ऑफ़ साइंसेस, इंडिया (2009)
एसोसिएट ऑफ़ द इंडियन अकैडमी ऑफ़ साइंसेस (2007-2012)
सरटिफीकेट ऑफ़ रिकगनीशन एस जीनोमिक्स पायनियर फ्रॉम द ओसिमम बायोसॉल्यूशंस इन एसोसिएशन विद OBBeC (2008)
यंग साइंटिस्ट अवार्ड फ्रॉम द इंडियन साइंस कांग्रेस एसोसिएशन (आई.एस.सी.ए)  (2007-08)
इंडियन नेशनल साइंस अकैडमी मेडल फॉर यंग साइंटिस्ट (आईएनएसए)  (2007)
प्रोफेसर एल.एस.एस. कुमार मेमोरियल पुरस्कार  (2007)
इनोवेटिव यंग बायोटेक्नोलोजिस्ट्स अवार्ड फ्रॉम द डिपार्टमेंट ऑफ़ बायोटेक्नोलोजी (आई.वाई.बी.ए), भारत सरकार द्वारा (2006)
विसिटिंग साइंटिस्ट एट द इंस्टीट्युट फॉर जीनोमिक रिसर्च, रॉकविल, MD फॉर द राइस जीनोम एनोटेशन वर्कशॉप  (2007)
जूनिअर एंड सीनिअर रिसर्च फैलोशिप फ्रॉम सीएसआईआर
यूनीवर्सिटी मेडल फॉर फर्स्ट-क्लास-फर्स्ट पोसिशन इन एम्. एस.सी. बायोटेक्नोलोजी फ्रॉम कुरुक्षेत्र यूनीवर्सिटी, कुरुक्षेत्र
अनुसंधान रुचियाँ
1. एक्सप्लोरिंग ट्रांसक्रिपशनल रेग्युलेट्री नेटवर्क ड्यूरिंग ऐबायोटिक स्ट्रेस
अजैविक तनाव वाटर डेफिसिट और उच्च लवणता सबसे गंभीर समस्याओं में से एक है जो दुनिया भर में चावल के विकास और उत्पादकता को सीमित कर देते हैं| इसके महत्व के बावजूद, पर्यावरण तनावों के प्रभाव के लिए जिम्मेदार मोलेकुलर मेकानिस्म के बारे में हमारे ज्ञान में  कमियां हैं| वाटर डेफिसिट और उच्च लवणता के तंत्र को, कई किस्म कि जीन्स जो इन तनाव के लिए प्रतिक्रिया में विभेदक अभिव्यक्ति का प्रदर्शन करते हैं, इस को समझने के लिए कई अध्ययन कीये जा रहे हैं| विभेदक जीन अभिव्यक्ति (डिफ़्रेन्शिअल जीन एक्सप्रेशन) ट्रांसक्रिपशनल पोस्ट-ट्रांसक्रिपशनल स्तर पर संचालित है| ट्रांसक्रिपशनल स्तर पर, नियामक ट्रांसक्रिपशनल फैक्टर्स (TFs) ट्रांसक्रिपशन को लक्ष्य जीन के प्रमोटरों में स्थित सीआईएस नियामक तत्वों के साथ बाँध कर करते हैं|  प्रत्येक संभावित TF एकाधिक लक्ष्य जीन (मलटिपल टार्गेट जीन्स) को विनियमित करता हैं, प्रायः यह अन्य TFS के साथ संयोजन में भी करता हैं तथा या तो प्रतिलेखन को सक्रिय या दबा देता है| इस विनियामक नेटवर्क संयोजन से उत्कृष्ट फाईन-ट्युन्ड जीन अभिव्यक्ति पैटर्न और लेवल परिणाम में आते हैं| केवल कुछ तनाव प्रतिक्रियाओं में शामिल TFS, के लक्ष्य जीन या बाध्यकारी साइट अभी तक स्पष्ट है| एक और अधिक गहन विश्लेषण करने की आवश्यकता फसल के पौधों में अंतर्निहित ट्रांसक्रिपशनल नियामक नेटवर्क को समझने की है| इससे पहले,
हम
ने कई TFS की पहचान की है जो विभिन्न अजैव तनाव प्रतिक्रियाओं में शामिल होते हैं| वर्तमान में मेरे शोध समूह का फोकस, वाटर डेफिसिट और उच्च लवणता तनाव के दौरान ट्रांसक्रिपशनल नियामक नेटवर्क का वर्णन करना है| हम ट्रांसक्रिपशनल नियामक नेटवर्क के एक सिस्टम स्तर समझ को वाटर डेफिसिट और फसल पौधों में उच्च लवणता तनाव के दौरान विभिन्न उन्नत आणविक जीव विज्ञान के दृष्टिकोण का उपयोग कर तथा यीस्ट वन-हाईब्रिड ऐनालिसिस, ChIP-चिप, यीस्ट टू -हाईब्रिड ऐनालिसिस और ट्रांसजेनिक प्लांट्स का जेनेरशन सहित उत्पन्न करने की कोशिश कर रहे हैं| यह काम पौधों में अंतर्निहित अजैव तनाव प्रतिक्रियाओं के आणविक तंत्र में नए अंतर्दृष्टि प्रदान करेगा, जो फसल पौधों में तनाव सहिष्णुता को इंजीनियर करने में उपयोगी सिद्ध होगा|

2. मॉडल पौधों के जीनोम विश्लेषण
हमारी रूचि एक अन्य क्षेत्र में भी है - विभिन्न जैव सूचना विज्ञान उपकरण का उपयोग कर मॉडल पौधों का जीनोम विश्लेषण करना| विभिन्न पौधों की पूरी जीनोम सीक्वेंस, व्यापक डेटाबेस संसाधन, नेक्स्ट जेनेरशन सीक्वेंसिंग प्लैटफ़ोर्म्स एवं जीन एक्सस्प्रेशन प्रोफाइलिंग प्लैटफ़ोर्म्स जैसे कि माइक्रोएरेस, जीन अभिव्यक्ति के सीरियल विश्लेषण और व्यापक समानांतर हस्ताक्षर अनुक्रमण की उपलब्धता, - जटिल जैविक प्रक्रियाओं को समझने में तथा भविष्य में फसल सुधार के लिए एक ब्लूप्रिंट के रूप में असाधारण अवसर प्रदान करेगा| इस काम में शामिल है - विभिन्न डेटाबेस संसाधनों के उपयोग के द्वारा महत्वपूर्ण जैविक प्रक्रियाओं में शामिल जीन्स/ जीन फैमिलिस के जीनोम वाईड अनालिसिस| इस अध्ययन का उद्देश्य है कई मौलिक जैविक प्रक्रियाओं, प्लांट प्रतिक्रियाओं के आणविक आधार का पता लगाना हैं तथा नए जीनों की पहचान करना, तथा उनकी एग्रोनोमिकली महत्वपूर्ण लक्षणों को विनियमित करना हैं|
हमारे समूह भी डीबीटी का एक हिस्सा है "नेक्स्ट जेनेरशन चैलेंज प्रोग्राम औन चिकपी जेनोमिक्स"| इस कार्यक्रम में, हमारा लक्ष्य - एक उच्च गुणवत्ता वाले पूरा जीनोम एनोटेशन, जीनोम के विभिन्न विशेषताओं का अन्वेषण, उच्च गहन ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण तथा चना का तुलनात्मक जीनोमिक्स को सृजित करना है|
 समूह के सदस्य
सुश्री अन्नपूर्णा भट्टाचार्य पीएच.डी. छात्रा
श्री विकाश सिंह पीएच.डी. छात्र
सुश्री स्वाति शर्मा
पीएच.डी. छात्रा
श्री रवि पटेल वरिष्ठ रिसर्च फैलो
सुश्री शालू झानवार जूनियर रिसर्च फैलो
सुश्री पुष्प  प्रिया जूनियर रिसर्च फैलो
डेवेलेप्ड वेब रिसोर्सेस
1.चिकपी ट्रांसक्रिप्टोम डेटाबेस:   (CTDB, http://www.nipgr.res.in/ctdb.html)
A web resource for mining/downloading sequence data, functional annotation (gene description, domain and gene ontology), and tissue-specific expression profiles of chickpea transcriptome.
2. प्लांट रेफेरेंस जीन सर्वर:   (PlantRGS, http://www.nipgr.res.in/PlantRGS)
 A web server for the identification of most suitable candidate reference gene(s) with minimum expression variance for quantitative gene expression studies in plants.
 
 चयनित प्रकाशन
Garg R, Patel RK, Jhanwar S, Priya P, Bhattacharjee A, Yadav G, Bhatia S, Chattopadhyay D, Tyagi AK, Jain M (2011). Gene discovery and tissue-specific transcriptome analysis in chickpea with massively parallel pyrosequencing and web resource development. Plant Physiol DOI:10.1104/pp.111.178616.
Garg R, Patel RK, Tyagi AK, Jain M (2011) De novo assembly of chickpea transcriptome using short reads for gene discovery and marker identification. DNA Res 18: 53-63.
Garg R, Jhanwar S, Tyagi AK, Jain M (2010) Genome-wide survey and expression analysis suggest diverse roles of glutaredoxin gene family members during development and response to various stimuli in rice. DNA Res 17: 353-367.
Jain M*, Ghanashyam C, Bhattacharjee A (2010). Comprehensive expression analysis suggests overlapping and specific roles of glutathione S-transferases during development and stress responses in rice. BMC Genomics 11: 73. (*corresponding author).
Garg R, Sahoo A, Tyagi AK, Jain M (2010). Validation of internal control genes for quantitative gene expression studies in chickpea (Cicer arietinum L.). Biochem Biophys Res Commun 396: 283-288.
Ghanashyam C, Jain M (2009). Role of auxin-responsive genes in biotic stress responses. Plant Signal Behav 4: 846-848.
Jain M*, Khurana JP (2009). Transcript profiling reveals diverse roles of auxin-responsive genes during reproductive development and abiotic stress in rice. FEBS J 276: 3148-3162. (*corresponding author).
Jain M, Tyagi AK, Khurana JP (2008). Genome-wide identification, classification, evolutionary expansion, and expression analyses of homeobox genes in rice. FEBS Journal 275: 2845-2861.
Jain M, Tyagi AK, Khurana JP (2008). Differential gene expression of rice two-component signaling elements during reproductive development and regulation by abiotic stress. Funct Integr Genomics 8: 175-180.
Nijhawan A, Jain M, Tyagi AK, Khurana JP (2008). A genomic survey and gene expression analysis of basic leucine zipper (bZIP) transcription factor family in rice. Plant Physiol 146: 333-350.
Jain M, Khurana P, Tyagi AK, Khurana JP (2008). Genome-wide analysis of intronless genes in rice and Arabidopsis. Funct Integr Genomics 8: 69-78.
Jain M, Tyagi AK, Khurana JP (2008). Constitutive expression of a meiotic recombination protein gene homolog, OsTOP6A1, from rice confers abiotic stress tolerance in transgenic Arabidopsis plants. Plant Cell Rep 27: 767-778.
Jain M, Nijhawan A, Arora R, Agarwal P, Ray S, Sharma P, Kapoor S, Tyagi AK, Khurana JP (2007). F-box proteins in rice: genome-wide analysis, classification, temporal and spatial gene expression during panicle and seed development, and regulation by light and abiotic stress. Plant Physiol 143: 1467-1483.
Jain M, Tyagi AK, Khurana JP (2006). Overexpression of putative topoisomerase 6 genes from rice confers stress tolerance in transgenic Arabidopsis plants. FEBS Journal 273: 5245-5260. (cover photo article)
Jain M, Tyagi AK, Khurana JP (2006). Genome-wide analysis, evolutionary expansion, and expression of early auxin-responsive SAUR gene family in rice (Oryza sativa). Genomics 88: 360-371.
Jain M, Nijhawan A, Tyagi AK, Khurana JP (2006). Validation of housekeeping genes as internal control for studying gene expression in rice by quantitative real-time PCR. Biochem Biophys Res Commun 345: 646-651.
Jain M, Tyagi AK, Khurana JP (2006). Molecular characterization and differential expression of cytokinin-responsive type A response regulators in rice (Oryza sativa). BMC Plant Biology 6: 1.
Jain M, Kaur N, Garg R, Thakur JK, Tyagi AK, Khurana JP (2006). Structure and expression analysis of early auxin-responsive Aux/IAA gene family in rice (Oryza sativa). Funct Integr Genomics 6: 47-59.
Jain M, Kaur N, Tyagi AK, Khurana JP (2006). The auxin-responsive GH3 gene family in rice (Oryza sativa). Funct Integr Genomics 6: 36-46.