National Institute of Plant Genome Research
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पीएच.डी. छात्रों के लिए पाठ्यक्रम कार्य
पाठ्यक्रम समन्वयक : डॉ. निरंजन चक्रवर्ती
पाठ्यक्रम सामग्री क्रेडिट्स
प्लांट आण्विक जीवविज्ञान और जेनेटिक इंजीनियरिंग 3
प्लांट फिजियोलॉजी और जैव रसायन 3
प्लांट जीनोमिक्स 3
प्लांट जीनोम का इन-सिलिको एनालिसिस  2
अवधि पत्र 2
सेमिनार 1
प्लांट आण्विक जीवविज्ञान और जेनेटिक इंजीनियरिंग
कुल क्रेडिट : ३
कुल व्याख्यानों की संख्या : ३६
कोर्स प्रभारी: डॉ. सुभ्रा चक्रवर्ती और डॉ. देबाशीष चट्टोपाध्याय
पाठ्यक्रम सामग्री
  1. सेल चक्र और विकास
  2. बीज विकास
  3. फोटोमॉरफोजेनेसिस
  4. वयस्क पौधे: जड़, पत्ती और फूल
  5. प्रोटीन लक्ष्यीकरणः श्रेणीकरण, यातायातीकरण और ह्रास
  6. जीन क्लोनिंग : आगे और विपरीत आनुवांशिकी
  7. सेल संकेतन : जी-प्रोटीन, कैल्सियम ++/ कैल्सियम एम और एम ए पी के
  8. वंशाणु और जीन विनियमन: सामान्य आनुवांशिकी, एसआई आर एन ए, एपीजेनेटिक घटना और क्रोमाटिन रीमोडेलिंग
  9. आनुवांशिक अभियांत्रिकी और फसल सुधार
    • पादप आनुवांशिक परिवर्तन
    • एग्रोबक्टेरियम-मध्यस्थता परिवर्तन
    • एग्रोनोमिक, औद्योगिक और गुणवत्ता लक्षण
  10. जैव सुरक्षा नियम और आईपीआर मुद्दे
प्लांट फिजियोलॉजी और जैव रसायन
कुल क्रेडिट: ३
कुल व्याख्यानों की संख्या : ३६
कोर्स प्रभारी:  डॉ. निरंजन चक्रवर्ती और डॉ. आलोक कृष्णा सिन्हा
पाठ्यक्रम सामग्री
  1. पादप और सेल संरचना
    • पादप सेल का परिचय और ओर्गानेल्लेस
    • पादप केटोस्केलेटन: सूक्ष्मनलिकाएं और माइक्रोफिलामेंट्स
    • अतिरिक्त कोशिकीय आव्यूह (मैट्रिक्स)
  2. पादप विकास, भिन्नता, और विकास
    • हार्मोन और एलिसिटोर्स के जैव-संस्लेषण और चयापचय
    • हार्मोन और विकास
    • हार्मोन कार्यकलाप के आण्विक आधार
    • सेल भिन्नता
  3. सेनेसेंस और सेल मृत्यु
  4. पादप माध्यमिक चयापचय
    • माध्यमिक चयापचयों का जैव-संस्लेषण: टेर्पेनोइडस, एल्कलॉइड्स,  फिनाइलप्रोपनोइड्स, और फ़्लवोनोइड्स
    • माध्यमिक चयापचयों का उपापचयी अभियांत्रिकी
  5. शुगर संकेतन
  6. तनाव फिजियोलॉजी: मेजबान-रोगाणु सहभागिता
    • कवक, जीवाणु, वायरस और निमेटोड
  7. तनाव फिजियोलॉजी: अजैव तनाव
    • जल की कमी या सूखा और लवणता तनाव
    • परासरणी समायोजन और उसकी सहनशीलता में सुखें और लवणता की भूमिका
    • प्रकाश और तापमान तनाव
    • तनाव जीन प्रेरित अभिव्यक्ति
  8. प्रकाश संस्लेषण और स्वसन
प्लांट जेनोमिक्स
कुल क्रेडिट: ३
कुल व्याख्यानों की संख्या : ३६
पाठ्यक्रम प्रभारी: 
डॉ. सभ्यता भाटिया और डॉ. प्रवीण वर्मा
पाठ्यक्रम सामग्री
  1. परिचय: जीन और जीनोम
  2. जीनोम संगठन
    • परमाणु, माईटोकंड्रीयल और क्लोरोप्लास्ट जीनोम
  3. आण्विक मार्कर: अवलोकन
    • परिभाषाएँ, गुण, आणविक मार्करों के प्रकार|
    • आर ए पी डी और ए एफ एल.पी. एनालिसिस: डीएनए टाइपिंग में सिद्धांत, पद्धति, और अनुप्रयोग, वंशावली मूल्यांकन और कृषिजोपजाति पहचान, फयलोजेनेटिक्स
    • विभिन्न आणविक मार्कर का उपयोग कर संपर्क मानचित्र का निर्माण: सिद्धांतों, मानचित्रण आबादी, पुनर्संयोजन भिन्न, एल ओ डी गणना , संपर्क समूहों की स्थापना, क्यू टी एल एनालिसिस
    • पादप प्रजनन में मार्कर की सहायता के चयन की अवधारणा, एस सी ए आर
    • माईक्रोसेटेलाईट्स, अवलोकन संकरण आधारित माइक्रोसेटेलाइट फिंगरप्रिंटिंग, माइक्रोसेटेलाइट अनुक्रमण के पृथक्करण के लिए रणनीतियाँ,  एस टी एम एस मार्कर
    • विभिन्न मार्कर प्रणालियों की तुलना
    • अन्य मार्कर: एस ए एम पी एल, आर ए एम पी, सी ए पी एस, एस एन पीस आदि
  4. जीनोम एनालिसिस: जीनोमिक्स में प्रयुक्त प्रतिरूपण प्रणाली
    • कोस्मिड्स, पी 1 जीवाणुभोजी, बीएसी और वाई ए सी प्रतिरूपण सदिश, उच्च आण्विक वजन वाले डीएनए का पृथक्करण और पी एफ जी ई द्वारा गुणसूत्रों का विभाजन, कंटिग एसेम्ब्ली, गुणसूत्र संचालन और मानचित्र आधारित प्रतिरूपण
  5. जीनोम एनालिसिस: जीनोम का भौतिक मानचित्रण
    • परम्परागत सायटोजेनेटिक्स, प्रतिबंध संकरण विश्लेषण द्वारा भौतिक मानचित्रण, ऍफ़.आई.एस.एच और संबंधित तकनीक, गुणसूत्र चित्र और सूक्ष्म विच्छेदन, विस्तृत कार्यक्षेत्र का भौतिक मानचित्रण.
  6. जीनोम एनालिसिस: अनुक्रमण और जीनोम एनालिसिस
    • जटिल जिनोमों  के व्यवस्थित अनुक्रमण के लिए अनुक्रमण रणनीतियां, जीनोम अनुक्रम विश्लेषण, एनोटेशन और जीन का पूर्वानुमान
  7. क्रियात्मक जीनोमिक्स
    • परिचय, जीनोम में क्रियात्मक जीन को खोजने के लिए रणनीतियाँ, जीन टैगिंग रणनीतियाँ और अनुप्रयोग, ई एस टीज़ और जीनोमिक्स में इसकी उपयोगिता, विभेदक जीन रूपरेखा विधियाँ, डीएनए चिप्स / माइक्रोएरेस
  8. प्लांट ट्रांस्पोसेबल एंड  रेट्रो-ट्रांस्पोसेबल तत्व:
    • परिचय, प्लांट ट्रांस्पोसेबल तत्वों के प्रकार, जीन की ट्रांसपोसोन टैगिंग, जीनोम विकास में भूमिका.
  9. प्रोटियोमिक्स
    • प्रोटियोम विश्लेषण की रणनीतियाँ और अनुप्रयोग.
  10. विकासवादी जीनोमिक्स
    • जीनोम विकास का परिचय, नए जीनों का अधिग्रहण, गैर कोडिंग क्षेत्रों का विकास, आण्विक फायलोजेनेटिक्स और अनुप्रयोग, जीनोम में बहुजीनीय परिवारों का विकास
  11. तुलनात्मक जीनोमिक्स
    • परिचय, पौधों के तुलनात्मक जीनोमिक्स, अनाज और फली के तुलनात्मक जीनोमिक्स.
  12. एस ए जी ई और एस एन पीस एनालिसिस
प्लांट जीनोम का इन-सिलिको एनालिसिस
कुल क्रेडिट: २
कुल व्याख्यानों की संख्या : २४
पाठ्यक्रम प्रभारी: डॉ. मनोज प्रसाद और डा. गीतांजलि यादव
पाठ्यक्रम सामग्री
  1. परिचय: अनुक्रम से जीनोमिक्स युग के कार्य तक, विभिन्न पौधों के जीनोम डाटाबेस
  2. विभिन्न अनुक्रम प्रारूपों का परिचय, विभिन्न प्रकार के बी एल ए एस टी (ब्लास्ट) खोज और ऍनटरिज़
  3. जीनोम एनोटेशन के सिद्धांत, उपकरण और संसाधन
  4. विभिन्न अनुक्रम संरेखण और फायलोजेनेटिक्स एनालिसिस 
  5. जीन मानचित्रण, मानचित्र बनाने के उपकरण और संसाधन
  6. पेप्टाइड बॉण्ड, प्रोटीन रूपांकन, डोमेन्स और लचीलापन, माध्यमिक संरचना का महत्व, अन्तर आणविक अंतरफलक
  7. पी डी बी संरचना फ़ाइलों की व्याख्या, प्रोटीन कार्यो के संरचनात्मक आधार, बाइंडिंग साइट्स के स्थान और प्रकृति
  8. अनुक्रम से संरचना: माध्यमिक संरचना का पूर्वानुमान, तुलनात्मक एवं अनुरूपता मॉडलिंग, रूपरेखा आधारित सूत्रण विधियाँ, रोसेट्टा और छुपे हुए मार्कोव मॉडल
  9. संरचना से कार्य: प्रोटीन उत्कृष्ट परिवार, बाइंडिंग साइट्स की पहचान, उत्प्रेरक अवशेष की पहचान
  10. प्रोटीन से प्रोटीन सहभागिता: जैव आणविक कॉम्प्लेक्सस का पूर्वानुमान अभिग्राहक-लिगेंड समानता और मॉडलिंग संरचनाओं के लिए एल्गोरिथम डॉकिंग
Instrumentation
Total Credit(s) : 1
Total Number of Lectures : ____________
Course Material
  1. Proteomics.
  2. Radioisotope and imaging.
  3. Confocal microscopy.
  4. Sequencing, real-time PCR and pulse-field gel electrophoresis.
  5. Microarry.
  6. LAN & Computational Facility.
  7. Chromatography.
  8. Gene gun.
  9. Photometry.
  10. Mapping Techniques.
  11. General Instrumentation.